לניתוח ובקרת השכר הפנים ארגונית חשיבות רבה הן ככלי בקרה והן ככלי לזהוי חוסר עקביות בתגמול העובדים. באמצעות תהליך זה ניתן להצביע על חריגות במדיניות התגמול ולקבל החלטה לגבי אופן הטיפול בהן. על ידי ניתוח מרכיבי השכר וההטבות ויישום הממצאים מניתוח זה הארגון יבטיח התנהלות הוגנת ועקבית בנושא התגמול. ניתוח מרכיבי השכר יבטיח כי כל מרכיב משולם בהתאם לתוכנית ולתקציב שנקבעו וכי התגמול מתוקשר נכון ונתפס על ידי העובדים כבעל ערך.